为了提升种业的自主创新能力，国家几次人大以来，农业部坚持以市场为导向、以企业为主体，深化改革、创新品种研发机制、改革品种管理制度，种业创新能力得到了大幅度的提高。
总体来看，目前我国农作物自主选育品种占主导地位，做到了中国粮主要用中国种。按新种子法，水稻、小麦、玉米、大豆、棉花，五大主要农作物里，水稻、小麦、大豆这三大作物全部是我国自主选育的品种。
玉米，五年前国外品种占到市场份额的15%，通过这几年不断地改革创新，国外选育的玉米品种市场份额已经降到了10%，最明显的就是先玉335，这几年种植面积在逐年下降，同时在抗倒性、抗病性方面也不如国内自主选育的品种，现在它的面积从4200多万亩下降到3000多万亩。
鲜食玉米品种，过去主要是从国外进口，随着这几年我国自主选育能力的提高，国外鲜食玉米的市场份额已经从最高时的90%降到了现在的20%，也就是说，我们80%的鲜食玉米品种都是来自于国内自主选育。
棉花，现在大部分都是转基因的。我国最初在上个世纪从国外孟山都引进了转基因棉花，曾经国外品种几乎垄断了国内转基因棉花的市场。随着国内市场创新能力的逐步提高，现在，我国自主选育的转基因棉花品种市场份额占到了95%以上，国外品种已经不到5%。
蔬菜，我国蔬菜常年的种植面积是3.3亿亩，目前自主选育的蔬菜品种已经占到了87%，五年前，国外蔬菜品种市场份额占到20%左右，现在已经下降到13%。像青花菜、杂交抗病菠菜、杂交菜用胡萝卜、耐抽苔白菜这几类蔬菜作物，它们的国外进口种子市场份额占到80%以上，但在我国种植面积不超过1000万亩，所以总体上的影响是非常小的。
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